Si trabajas con comerciantes minoristas, es fácil que te hayas encontrado con la necesidad de crear facturas para esos clientes, no solo con IVA sino también con RE (Recargo de Equivalencia).

El recargo de equivalencia es un régimen especial de IVA, obligatorio para comerciantes minoristas que no realicen ningún tipo de transformación en los productos que venden. Se aplica tanto a personas físicas de alta en autónomos como a las comunidades de bienes.

Para crear facturas en FacturaDirecta con Recargo de Equivalencia puedes hacerlo directamente desde la factura o configurar el contacto para que te aparezca por defecto al facturar a ese concreto. Yo te recomiendo configurar siempre el contacto, pues a la larga, te será mucho más cómodo.

Para configurar el contacto, accede a su ficha o crea una nueva si aún no está creada y ve al apartado "Impuestos como cliente" (Si no ves ese apartado dale al botón "MÁS" que tienes en la parte inferior de la ventana).

Selecciona la opción "Autónomo en régimen de Recargo de Equivalencia" :
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Luego en la factura, al seleccionar este cliente, por defecto ya te aparecerá el Recargo de Equivalencia entre los impuestos. 

Puedes cambiarlo o añadirlo manualmente, si no has configurado el contacto, pulsando en la columna  "Impuestos":

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