Si haces una factura rectificativa puedes compensar su saldo con la factura original, para que así, queden automáticamente las dos facturas (la original y la rectificativa) marcadas como pagadas.
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Para eso, cuando estés en la página de edición de la factura rectificativa, tienes que seleccionar "Compensar el saldo con la factura original":

Y ya puedes guardar la factura rectificativa.

Al compensar el saldo de la rectificativa con la factura original, las dos facturas se quedarán marcadas como pagadas sin pasar el saldo por ningúna cuenta bancaria o de tresoreria, y si entras en el pago, podrás ver que se han compensado la una con la otra:
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Si quieres compensar el saldo y ya tienes la factura rectificativa hecha sin haberla marcado directamente también puedes hacerlo de forma muy fácil siguiendo estos pasos:

1. Entra en el módulo de los bancos, selecciona un banco o cuenta de tresorería y ve a la pestaña "Pagos y cobros" y dale a "Registrar" y "Pagar facturas"

2. Selecciona la factura positiva y la factura negativa, verás que el importe a liquidar se queda a cero.

3. Dale a "Guardar y cerrar".

¡Así de simple! 

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