Sí, es correcto. Aunque tus facturas no tengan IVA, la AEAT muestra el apoderamiento de VeriFactu dentro de la categoría de IVA simplemente por una cuestión de organización interna. No significa que estés declarando IVA ni que debas activarlo en tus facturas.
El apoderamiento que realmente necesitas para poder emitir facturas mediante VeriFactu es:
SISTEMAS INFORMATIVOS DE FACTURACIÓN Y VERI*FACTU
IZ860 – Remisión y consulta de registros de facturación por servicio web
Este es el permiso que permite a FacturaDirecta remitir tus facturas a la Agencia Tributaria a través del sistema VeriFactu, independientemente de si llevan IVA o no.
Si lo prefieres, también puedes emitir con tu propio certificado digital. En ese caso, no tendrás que realizar este apoderamiento ante la AEAT, ya que la comunicación la harás directamente con tu certificado.